Микола Кононенко народився 14 грудня 1937 року в селі Іваниця на Сумщині. Після завершення навчання в Івано-Франківському державному медичному інституті розпочав професійну діяльність у Луганській області, де здобув практичний досвід хірурга. Згодом повернувся на Сумщину та понад десять років працював у Сумському обласному онкологічному диспансері, ставши одним із провідних фахівців у сфері онкохірургії.
Його наукові роботи та хірургічні розробки зробили вагомий внесок у розвиток української онкології та отримали визнання далеко за межами країни.
Із 1993 року життя Миколи Кононенка було пов’язане із Сумським державним університетом. Він став засновником і першим завідувачем кафедри хірургії Медичного інституту СумДУ, заклавши основу для розвитку сучасної хірургічної школи закладу. Під його керівництвом формувалися наукові напрями, проводилися дослідження та готувалися нові покоління лікарів.
Кононенко вперше в Сумах та області впровадив низку складних хірургічних втручань, що врятували життя багатьом пацієнтам і розширили можливості регіональної медицини. Його професіоналізм і впровадження нових методик здобули визнання колег і вдячність пацієнтів.
Він також зробив значний внесок у підготовку медичних кадрів. Як викладач і наставник виховав цілу плеяду лікарів та науковців, керував захистом кандидатських дисертацій, готував наукові праці. Загалом є автором понад 250 наукових публікацій, монографій, винаходів і раціоналізаторських пропозицій.
У 2010 році йому було присвоєно звання Почесного професора Сумського державного університету за визначні заслуги перед закладом.
Університет висловив співчуття рідним, близьким, колегам і учням Миколи Григоровича Кононенка. Його пам’ять залишиться в серцях усіх, хто його знав і працював поруч із ним.
